PMKK didirikan pada tanggal 12 Oktober 1980. Tiga orang tokoh yang berperan antara lain: dr. Purwanto Adhi Pireno, Sp.PK, dr. Soediro, dan dr. Agus Priyatno, Sp.A(K). Terbentuknya PMKK diawali dari keikutsertaan beliau saat masih co-ass dalam “Training Kepemimpinan” yang diadakan di Ungaran untuk mahasiswa Kristen dan Katolik. Dari situlah muncul kerinduan untuk mendirikan suatu sarana kepemimpinan dalam bentuk organisasi Kristen, diawali dengan persekutuan dari rumah ke rumah dan mengunjungi adik-adik kelas serta mahasiswa-mahasiswa baru.

Visi PMKK:

Dokter Kristen yang memiliki Integritas, Profesionalisme, serta Pengabdian yang tinggi dengan motivasi yang benar dalam mewujudkan misi Allah bagi dunia.

Misi PMKK:

Penginjilan, Pemuridan, Pelipatgandaan, Pengutusan

Periode 1980. Ketua: dr. Agus Priyatno
Periode 1983 – 1984. Ketua: dr. Regowo
Periode 1984 – 1985. Ketua: dr. Sakundarno
Periode 1985 – 1986. Ketua: dr. Puji Sugianto
Periode 1987 – 1988. Ketua: dr. Puji Tri Harsono
Periode 1988 – 1989. Ketua: dr. Maria Widhiastuti
Periode 1989 – 1990. Ketua: dr. Daniel Lumadyo Wartoadi
Periode 1990 – 1991. Ketua: dr. Ridzki Hastanus
Periode 1991 – 1992. Ketua: dr. Omega Mellyana
Periode 1992 – 1993. Ketua: dr. Basaria
Periode 1994 – 1995. Ketua: dr. Handoko
Periode 1995 – 1996. Ketua: dr. Hana
Periode 1996 – 1997. Ketua: dr. Kristiyan
Periode 1997 – 1999. Ketua: dr. Agus Prasetyo
Periode 1999 – 2001. Ketua: dr. Ardiani Krisna M
Periode 2001 – 2002. Ketua: dr. Elta Diah P
Periode 2002 – 2003. Ketua: dr. Probo Wuryantoro
Periode 2003 – 2005. Ketua: dr. Yeni Kula Awang
Periode 2005 – 2007. Ketua: dr. Goretty Lusya A. Simamora
Periode 2007 – 2008. Ketua: dr. Desta Nur Ewika Ardini
Periode 2008 – 2009. Ketua: dr. Andhita Widiyastuti
Periode 2009 – 2010. Ketua: dr. Febiyanda Aris Nugraha
Periode 2010 – 2011. Ketua: dr. Rachel Yulin Arditawati
Periode 2011 – 2012. Ketua: dr. Fransiska Sutrisno
Periode 2012 – 2013. Ketua: dr. Prasarita Esti Pudyaningrum
Periode 2013. Ketua: dr. Gloria Sheila RU
Periode 2014. Ketua: dr. Dina Ameliana
Periode 2014 – 2015. Ketua: dr. Allerma Herdiman
Periode 2015 – 2016. Ketua: Ricca Angelina Ethel, S.Ked
Periode 2016. Ketua: Herlina Dini Nugraheni

Periode 2015-2016 (BSO). Ketua: Yohanes Daniel DwiWirya Badawi

Periode 2016 – 2017. Ketua: Clara Vica Rudangta Tarigan

Periode 2016-2017 (BSO). Ketua: Daniel Yoga

Periode 2017-2018. Ketua: Yohana Revi Imanita

Periode 2018-2019. Ketua: Laura Ligianta Br. Tarigan

Periode 2019-2020. Ketua: Anetta Ayu Prabaswari

Pada tahun 2015 dibentuk BSO (Badan Semi Otonom) sebagai embrio dari PMK FK Undip. Hal ini dilakukan karena pihak kampus sudah mulai mensosialisasikan peleburan UKM (Unit Kegiatan Mahasiswa) untuk 5 program studi yang ada di FK (Kedokteran, Kedokteran gigi, Keperawatan, Ilmu Gizi, Farmasi). Maka PMKK beradaptasi dengan membentuk BSO sambil tetap menjalankan fungsi PMKK seperti biasa. Pada tahun 2017 PMKK resmi berubah dan melebur dengan BSO dan berganti nama menjadi PMK FK Undip. Pemilihan nama PMK FK bertujuan untuk mengakomodasi semua pelayanan dari masing-masing prodi. Dengan ini visi dan misi juga disesuaikan menjadi:

Visi PMK FK: Menjadi tenaga medis kristen yang memiliki integritas, profesional, serta pengabdian tinggi dengan motivasi yang benar untuk mewujudkan visi Allah bagi dunia.

Misi PMK FK: Penginjilan, Pemuridan, Pelipatgandaan, Pengutusan.